Taller Colaborativo de Herramientas para Dinámica Molecular

Datos generales

• Título: “Taller Colaborativo de Herramientas para Dinámica Molecular”
• Responsable / Moderadora: Dra. Marion Zulema Armas Vázquez
• Modalidad: En línea (videoconferencia + recursos digitales compartidos)
• Duración: 13 sesiones (1 h cada una)
• Horario: Viernes de 10:00 a 11:00 hrs.
• Fechas: Del 5 de septiembre al 5 de diciembre de 2025

Descripción

Este taller es un espacio de aprendizaje en el que los participantes explorarán de manera conjunta diversas herramientas de dinámica molecular, como GROMACS, VMD, CHARMM-GUI y NANOMODELER, a través de tutoriales guiados y discusión grupal.

La metodología se basa en el trabajo colectivo: la moderadora coordina y facilita las sesiones, fomentando un ambiente de confianza en el que cada participante aporta sus conocimientos, comparte dudas y contribuye a resolver problemas de forma colaborativa.

Objetivo general

Al finalizar el taller, los participantes habrán adquirido experiencia práctica en la preparación, ejecución y análisis de simulaciones de dinámica molecular, desarrollando estrategias de aprendizaje colaborativo y de resolución de problemas en grupo.

Además, el taller funcionará como apoyo a los proyectos de investigación en curso e introducirá a los participantes en el mundo de la dinámica molecular.

Objetivos específicos

1. Familiarizarse con el entorno y flujo de trabajo de GROMACS mediante tutoriales introductorios.

2. Aprender el uso de herramientas complementarias como CHARMM-GUI y Nanomodeler para construir sistemas moleculares complejos.

3. Utilizar VMD y comandos de GROMACS para análisis y visualización de trayectorias.

4. Aplicar gmx energy y Grace (Xmgrace) para análisis de energías y generación de gráficas.

5. Explorar temas avanzados como muestreo de paraguas (Umbrella Sampling) y energías libres, según el interés del grupo.

6. Fomentar el aprendizaje colaborativo y la construcción de conocimiento en comunidad.

7. Servir como apoyo a participantes que están iniciando proyectos de investigación en el campo de la dinámica molecular.

Requisitos de inscripción

• Interés en aprender dinámica molecular en un entorno colaborativo.

-Deseable (no obligatorio):

• Conocimientos básicos de uso de terminal y comandos en Linux.
• Nociones de química, bioquímica o áreas afines.
• Computadora con GROMACS instalado (o acceso a servidor con el software).

Metodología

• Sesiones semanales de 1 hora vía videoconferencia.
• Revisión conjunta de tutoriales oficiales de GROMACS.
• Participación activa como criterio principal de avance.
• Charlas con invitados expertos en sesiones especiales.

^Temario

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