Taller de dinámica molecular

ACTUALIZACIONES

1. Cada participante trabajará con su propia computadora, con sistema operativo Linux preferentemente; Mac OS es aceptable, pero no lo es ninguna versión de Windows.

2. Cada participante deberá estar atento a la página, pues se darán instrucciones para descargar e instalar los programas que se usarán en el TDM (DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, NWChem, MOLDEN, VMD). Todos ya deberán estar cargados en sus laptops para empezar a trabajar desde el primer día. Se recomienda darse de alta en el grupo Taller de Dinámica Molecular en Facebook
https://www.facebook.com/groups/144556469018023/
Pues a través de ese medio se aclararán dudas y se dará apoyo para instalar los programas.


 Novedad del 7 de junio de 2022: se actualizó el programa para el grupo 6. Dinámica Molecular sobre PES cuántica. Descarguen el nuevo.

 Novedad del 7 de junio de 2022: se actualizó el programa para el grupo 4. Aplicaciones a Bioquímica y Farmacia. Descarguen el nuevo.


INFORMACIÓN GENERAL


Se efectuará en modo virtual del 25 al 29 de julio de 2022.

El taller está dirigido a estudiantes de licenciatura y posgrado, así como a investigadores en los campos de la Química, Física, Ingeniería y Ciencias Biológicas, entre otras especialidades. Los interesados deben tener conocimientos básicos de Linux y de Dinámica Molecular.

Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de programas paralelos de Dinámica Molecular atomística entre la comunidad científica Mexicana. Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas: NAMD, DL_POLY, LAMMPS, GROMACS, HooMD, Open_MM, que son “motores para dinámica molecular” (Molecular Dynamics Engines). Además se usará el programa NWChem,que es un código para hacer cálculos cuánticos de estructura electrónica, para determinar geometrías moleculares y parámetros del potencial de interacción, y para realizar simulaciones de dinámica molecular sobre una PES cuántica que se actualiza en cada paso de tiempo. También habrá prácticas con paquetes de visualización MOLDEN, OVITO, AVOGADRO y VMD.

Estos programas son públicos, se pueden obtener vía internet sin costo y se usan en simulaciones atomísticas para estudiar una gran variedad de fenómenos físicos. El taller será más práctico que teórico y se dará énfasis a aplicaciones que se usan actualmente para desarrollar investigación en sistemas multicomponentes en una o varias fases.

Los ejercicios usados para ilustrar las aplicaciones contienen sistemas tales como agua, hidrocarburos, proteínas en solución, electrolitos y surfactantes, entre otros. Se harán ejercicios en la laptop de cada participante para aprender el uso de los programas. En el taller se hará una evaluación de los distintos programas en cuanto a velocidad de CPU, potenciales de interacción, algoritmos para generar trayectorias, dificultad de uso y herramientas para el análisis de resultados.

Sólo se entregará constancia de participación a quienes entreguen al menos el 80% de las prácticas del grupo que les corresponda.


El pago de la cuota correspondiente de USD $50.00 (cincuenta dólares americanos) debe hacerse con los siguientes datos:

Banco: J.P.Morgan Chase Bank N.A.
Account: 00101693118 (cuenta en USD)
Swift Code: CHASUS33
ABA Transfer Code (US): 111000614
Aba Transfer Code (Europe): 21000021/
Dirección: Texas Market PO Box 659754, San Antonio, Tx 78265-9754
Poner como referencia: 11o.TDM Y SU NOMBRE


"Para el pago de $ 1,000.00 (un mil pesos 00/100 M. N.) en México será
necesario solicitar
una ficha para pago en ventanilla de BBVA, al correo
rodriguez@icf.unam.mx . Si desean hacer el pago por transferencia
electrónica, soliciten informes en esa misma dirección.

Para “pagos interdependencias de la UNAM” deben seguirse los pasos
indicados en el siguiente Archivo


NO OLVIDEN PONER SU NOMBRE COMPLETO AL HACER EL PAGO.

Los comprobantes de pago deben enviarse a las DOS direcciones siguientes:
taller_dm@icf.unam.mx
rodriguez@icf.unam.mx
De donde se generarán los CFDI correspondientes."

PROGRAMA

Se abrirán seis grupos:

1. Principiantes (descargar programa)
2. Avanzados (descargar programa)
3. Tópicos Selectos de Química Física  (descargar programa)
4. Aplicaciones a Bioquímica y Farmacia (descargar programa)
5. Desarrollo de algoritmos de dinámica molecular, campos de fuerza y de programas paralelos de dinámica molecular en CPU/GPU (descargar programa)

6. Dinámica Molecular sobre PES cuántica (descargar programa)


El registro se hace en el formulario de la parte inferior a partir del 20 de mayo del 2022


Instrucciones para instalar algunos de los programas que se usarán en el Taller (en versiones recientes de Linux, basta con “sudo apt-get install <programa>”


Comandos básicos para el uso de vi/vim

Para GROMACS

Para LAMMPS

Para NAMD

Para VMD

Para NWChem

Para DL_POLY/Descargar el tarball

La instalación de OpenMM se puede hacer siguiendo la guía que se
encuentra aquí: http://docs.openmm.org/latest/userguide/application.html#installing-openmm

o con la lista de videos que hice para tal propósito aquí: https://youtube.com/playlist?list=PLOiFNu-E3sySM84E0uBDfcsHXGLL4t-XJ