Taller de dinámica molecular

INFORMACIÓN GENERAL

-- YA PUEDE REALIZARSE EL PAGO DE LA CUOTA DE INSCRIPCIÓN.    FAVOR DE REVISAR EL APARTADO CORRESPONDIENTE MÁS ABAJO --


Lunes 6 a viernes 10 de agosto, 2018.

El taller está dirigido a estudiantes de licenciatura, posgrado e investigadores en los campos de la Química, Física, Ingeniería y Ciencias Biológicas, entre otras especialidades. Los interesados deben tener conocimientos básicos de Linux y de Dinámica Molecular.


PROGRAMA: Descargar PDF


Cuestionario: Descargar .doc


Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de programas paralelos de Dinámica Molecular atomística entre la comunidad científica Mexicana. Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas: NAMD, DL_POLY, LAMMPS, y GROMACS,que son “motores para dinámica molecular” (Molecular Dynamics Engines).Además se usará el programa NWChem,que es un código para hacer cálculos cuánticos de estructura electrónica, para determinar geometrías moleculares y parámetros del potencial de interacción, y para realizar simulaciones de tipo BOMD. También habrá prácticas con paquetes de visualización MOLDEN y VMD.

Estos programas son públicos, se pueden obtener vía internet sin costo y se usan en simulaciones atomísticas para estudiar una gran variedad de fenómenos físicos. El taller será más práctico que teórico y se dará énfasis a aplicaciones que se usan actualmente para desarrollar investigación en sistemas multicomponentes en una o varias fases.


Los ejercicios usados para ilustrar las aplicaciones contienen sistemas tales como agua, hidrocarburos, proteínas en solución, electrolitos y surfactantes, entre otros. Se harán ejercicios en la laptop de cada participante para aprender el uso de los programas. En el taller se hará una evaluación de los distintos programas en cuanto a velocidad de CPU, potenciales de interacción, algoritmos para generar trayectorias, dificultad de uso y herramientas para el análisis de resultados. Además se usarán programas de apoyo para generar posiciones y velocidades iniciales, así como para el análisis de resultados. Habrá 2 sesiones de pósteres. Este taller es también una oportunidad para discutir detalles técnicos de simulación molecular en general.


ACTUALIZACIONES

Instrucciones para instalación de programas que se ocuparán en el Taller:

Comandos básicos para el uso de vi/vim

Para GROMACS

Para LAMMPS

Para NAMD

Para VMD

Para MCCCS/Towhee

Para NWChem

Para LICHEM

Para DL_POLY /Descargar el tarball

1. Cada participante deberá traer consigo su propia laptop, con sistema operativo Linux preferentemente; Mac OS es aceptable, pero no lo es ninguna versión de Windows.


2. Cada participante deberá estar atento a la página, pues se darán instrucciones para descargar e instalar los programas que se usarán en el TDM (DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, NWChem, MOLDEN, VMD). Todos ya deberán estar cargados en sus laptops para empezar a trabajar desde el primer día. Se recomienda darse de alta en el grupo Taller de Dinámica Molecular en Facebook

https://www.facebook.com/groups/144556469018023/

Pues a través de ese medio se aclararán dudas y se dará apoyo para instalar los programas.


3. No se tiene trato con ningún hotel; pero se dan las ligas a varios lugares cercanos al Campus Chamilpa:

(a) Suites Pintel: no aparece una página propia; pero los datos de contacto se encuentran en: Suites Pintel
(b) Hotel GS
(c) Hotel Puerta Paraíso
(d) Hotel Villa Bejar


PROGRAMA

En el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas paralelos LAMMPS, NAMD, DL_POLY, GROMACS y GAUSSIAN. Los cursos serán impartidos por investigadores mexicanos que hacen uso de estos programas en su trabajo de investigación. Las actividades del Taller han sido divididas en 4 niveles: Principiantes, intermedios, avanzados y armadores de DM. 

Pronto pondremos el PDF para su descarga!


El programa definitivo está en elaboración. A continuación se describe en términos generales.


1. Curso para principiantes

   Lunes 6: Cursos introductorios de Linux, Mecánica Estadística, Monte Carlo y 

Dinámica Molecular.

   De martes a viernes se darán talleres sobre cálculos cuánticos de sistemas moleculares

con NWChem; de visualización con VMD y Molden; de Dinámica Molecular con GROMACS,

LAMMPS, DL_POLY  y NAMD.


2. Curso para avanzados (es conveniente bien haber tomado el curso de principiantes

en 2016 ó 2017, o bien contar con experiencia de varios meses en el uso de algún código de

dinámica molecular):

   Lunes 6: Cursos introductorios de Linux, Mecánica Estadística, Monte Carlo y 

Dinámica Molecular.

   De martes a viernes se darán talleres con NWChem, VMD, Molden, GROMACS, LAMMPS,

DL_Poly y NAMD.


3. Curso con tópicos selectos de temas variados (es conveniente el haber tomado

el curso intermedio en 2016 ó 2017, o bien haber realizado trabajo de simulaciones 

numéricas de sistemas moleculares por al menos un año). Habrá talleres de dinámica

molecular Born-Oppenheimer (BOMD), de Monte Carlo, de cálculo de energías libres

por TI y FEP, de ajuste de parámetros con el esquema "force balance", de modelos de 

"grano grueso", de coexistencia de fases y de análisis de las interfaces.


4. Curso de aplicaciones a la bioquímica y la química farmacéutica, con talleres sobre

visualización, docking e interacciones de proteínas con ligandos, entre otros. Para 

inscribirse a este curso es conveniente el haber tomado el curso avanzado de 2017.


5. Armadores (Curso 'Implementación de algoritmos de Dinámica Molecular'). Se discutirán
algortimos para generar trayectorias moleculares y se armará un programa de
dinámica molecular a partir de un conjunto de subrutinas. Se implementarán
distintos termostatos, barostatos, campos de fuerzas clásicos y reactivos.


El programa detallado se publicará a la brevedad y se anunciará a todos los interesados.



REGISTRO



La cuota de inscripción será de $2,500.00 (dos mil quinientos pesos 00/100 M. N.), pagadera a: (Se proporcionará la factura correspondiente.)


Ya se agotaron las becas sobre la cuota de inscripción. Sin embargo, se intentará mantener los apoyos en cuanto a hospedaje y alimentación, siempre sujetos al presupuesto con que se cuente al cierre del registro. Se agradecerá que se llene el formato de exposición de  otivos y se envíe a la dirección taller_dm@icf.unam.mx


El registro final se abrirá en la misma página el martes 26 de junio. El registro permanecerá abierto hasta las 23:59 del domingo 29 de julio. Se podrán hacer inscripciones extemporáneas sólo en casos excepcionales; las solicitudes correspondientes deberán enviarse al correo taller_dm@icf.unam.mxcon la argumentación correspondiente. Se tratará de dar respuesta inmediata.


 -- FAVOR DE REGISTRARSE USANDO EL FORMULARIO DE ABAJO -- 

Ver:

Carta de recomendación

Carta de motivos


 PAGO Y SOLICITUD DE COMPROBANTE:


El pago se realizará a una cuenta de la UNAM, cuyos datos se encuentran en el formato siguiente

Formato_CDFI.docx


el cual deberá descargar y llenar; una vez realizado el pago, envíe el formato lleno y el comprobante del pago A LAS DOS DIRECCIONES ELECTRÓNICAS:


taller_dm@icf.unam.mx

rodriguez@fis.unam.mx


Si el pago se realizara desde alguna dependencia de la UNAM, descargue y llene el formato siguiente:

PAGO INTERDEPENDENCIAS UNAM.docx


y envíelo A LAS DOS DIRECCIONES ELECTRÓNICAS MENCIONADAS.


Comité Local:


Dr. César Millán Pacheco, Facultad de Farmacia, UAEMor.

Dr. Antonio Gamboa, Centro de Investigaciones Químicas, UAEMor.

Dr. Humberto Saint Martin Instituto de Ciencias Físicas, UNAM


Comité Nacional:


Dr. José Alejandre, Departamento de Química, UAM-I

Dra. Gloria Arlette Méndez Maldonado, Departamento de Física, U de G

Dr. Édgar Núñez Rojas, Departamento de Química, UAM-I

Dr. Héctor Domínguez Castro, Instituto de Investigaciones en Materiales, UNAM

Dra. Ana Laura Benavides Obregón, División de Ciencias e Ingenierías, U Gto.

Dra. Susana Figueroa Gerstenmaier,  División de Ciencias e Ingenierías, U Gto.

Dr. Édgar Omar González Castrejón, Departamento de Ingeniería Química, Instituto Tecnológico de Celaya.