Taller de dinámica molecular

INFORMACIÓN GENERAL


Lunes 29 de julio al  viernes 2 de agosto, 2019.

El taller está dirigido a estudiantes de licenciatura, posgrado e investigadores en los campos de la Química, Física, Ingeniería y Ciencias Biológicas, entre otras especialidades. Los interesados deben tener conocimientos básicos de Linux y de Dinámica Molecular.


PROGRAMA: Descargar PDF


Cuestionario: Descargar .doc


Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de programas paralelos de Dinámica Molecular atomística entre la comunidad científica Mexicana. Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas: NAMD, DL_POLY, LAMMPS, y GROMACS,que son “motores para dinámica molecular” (Molecular Dynamics Engines).Además se usará el programa NWChem,que es un código para hacer cálculos cuánticos de estructura electrónica, para determinar geometrías moleculares y parámetros del potencial de interacción, y para realizar simulaciones de tipo BOMD. También habrá prácticas con paquetes de visualización MOLDEN y VMD.

Estos programas son públicos, se pueden obtener vía internet sin costo y se usan en simulaciones atomísticas para estudiar una gran variedad de fenómenos físicos. El taller será más práctico que teórico y se dará énfasis a aplicaciones que se usan actualmente para desarrollar investigación en sistemas multicomponentes en una o varias fases.


Los ejercicios usados para ilustrar las aplicaciones contienen sistemas tales como agua, hidrocarburos, proteínas en solución, electrolitos y surfactantes, entre otros. Se harán ejercicios en la laptop de cada participante para aprender el uso de los programas. En el taller se hará una evaluación de los distintos programas en cuanto a velocidad de CPU, potenciales de interacción, algoritmos para generar trayectorias, dificultad de uso y herramientas para el análisis de resultados. Además se usarán programas de apoyo para generar posiciones y velocidades iniciales, así como para el análisis de resultados. Habrá 2 sesiones de pósteres. Este taller es también una oportunidad para discutir detalles técnicos de simulación molecular en general.



ACTUALIZACIONES

Instrucciones para instalación de programas que se ocuparán en el Taller:

Comandos básicos para el uso de vi/vim

Para GROMACS

Para LAMMPS

Para NAMD

Para VMD

Para MCCCS/Towhee

Para NWChem

Para LICHEM

Para DL_POLY /Descargar el tarball

1. Cada participante deberá traer consigo su propia laptop, con sistema operativo Linux preferentemente; Mac OS es aceptable, pero no lo es ninguna versión de Windows.


2. Cada participante deberá estar atento a la página, pues se darán instrucciones para descargar e instalar los programas que se usarán en el TDM (DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, NWChem, MOLDEN, VMD). Todos ya deberán estar cargados en sus laptops para empezar a trabajar desde el primer día. Se recomienda darse de alta en el grupo Taller de Dinámica Molecular en Facebook

https://www.facebook.com/groups/144556469018023/

Pues a través de ese medio se aclararán dudas y se dará apoyo para instalar los programas.


3. En la siguiente semana de pondrá a disposición una “máquina virtual vms” con todos los programas que se vayan a utilizar.


4. Todas las actividades del Taller se efectuarán en el Hotel Gamma Puerta Paraíso.

(a) Hotel Puerta Paraíso 

PROGRAMA

En el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas paralelos LAMMPS, NAMD, DL_POLY, GROMACS y GAUSSIAN. Los cursos serán impartidos por investigadores mexicanos que hacen uso de estos programas en su trabajo de investigación. Las actividades del Taller han sido divididas en 4 niveles: Principiantes, intermedios, avanzados y armadores de DM. 

Pronto pondremos el PDF para su descarga!


El programa definitivo está en elaboración. A continuación se describe en términos generales.


1. Curso para principiantes

En que se impartirán las bases de los métodos, desde algunos cálculos cuánticos de
sistemas moleculares simples hasta simulaciones de algunos sistemas sencillos por dinámica molecular.

2. Curso para avanzados (es conveniente bien haber tomado el curso de principiantes

en 2016, 2017 y 2018 o bien contar con experiencia de varios meses en el uso de algún código de

dinámica molecular):

En que además de cálculos cuánticos y dinámicas moleculares de sistemas más complejos,
se realizarán prácticas con Monte Carlo.


3. Curso con tópicos selectos de temas variados (es conveniente el haber tomado

el curso intermedio en 2016, 2017 y 2018 o bien haber realizado trabajo de simulaciones 

numéricas de sistemas moleculares por al menos un año). 

La propuesta preliminar es la de trabajar con "force-fields" desde atomísticos
hasta de grano grueso, e incluso hacer una práctica con Born-Oppenheimer MD y otra con un "campo de
fuerzas reactivo". También se harán cálculos de energía libre con integración termodinámica y con
"potencial de fuerza promedio".


4. Curso de aplicaciones a la bioquímica y la química farmacéutica,  acoplamiento molecular ciego y dirigido, dinámica
molecular de proteínas tanto en solución como en membrana, dinámica molecular de membranas y
dinámica molecular de ácidos nucleicos.


5. Armadores (Curso 'Implementación de algoritmos de Dinámica Molecular').  Se trata de "ensamblar" un programa de
dinámica molecular a partir de distintos módulos.


El programa detallado se publicará a la brevedad y se anunciará a todos los interesados.



REGISTRO


Se cobrará una cuota de inscripción de $5,000.00 (cinco mil pesos 00/100 pesos mexicanos), que incluirá lo siguiente


1. Acceso a todas las actividades del 9o Taller de Dinámica Molecular, inlcuyendo el "café y las galletas" de los recesos.
2. Hospedaje en cuarto de ocupación triple, desde la noche del domingo 28 de julio hasta la mañana del  viernes 2 de agosto
3. Desayunos desde el lunes 29 de julio hasta el viernes 2 de agosto
4. Comidas desde el lunes 29 de julio hasta el jueves 1 de agosto (NO están incluidas las cenas)

En caso de no necesitar hospedaje ni alimentación, la cuota será de $2,500.00 (dos mil quinientos pesos 00/100 pesos mexicanos),

que cubre el punto 1 arriba mencionado.

También puede pagarse una cuota de $3,500.00 (tres mil quinientos pesos 00/100 pesos mexicanos) que incluye los puntos 1 y 4.

Todos los pagos se harán a la Universidad Nacional Autónoma de México, que emitirá la factura correspondiente (CFDI).


Las instrucciones para el pago interdependencias de la UNAM vienen en el archivo: PAGO INTERDEPENDENCIAS UNAM


Para el pago de inscripciones en moneda extranjera los datos bancarios son los siguientes:


Banco: J.P.Morgan Chase Bank N.A.

Cuenta: 00101693118 DLLS

Swift Code: Chasus33

ABA Transfer Code (US): 111000614

Aba Transfer Code (Europe): 21000021/

Dirección: Texas Market PO Box 659754, San Antonio, Tx 78265-9754

Por favor poner como referencia: 9o.TDM


Para pagos en moneda nacional puede hacerse por depósito directo en ventanilla con la ficha que les genere o bien por transferencia electrónica (SPEI) a la siguiente cuenta:


Beneficiario: Universidad Nacional Autónoma de México

Banco: BBVA-Bancomer

CLABE: 012180004466344942

Por favor poner como referencia: 9o.TDM


Los comprobantes de pago deben enviarse a las DOS direcciones siguientes:

taller_dm@icf.unam.mx

rodriguez@icf.unam.mx 

De donde se generarán los CFDI correspondientes.


Se agradecerá que se llene el formato de exposición de motivos y se envíe a la dirección
taller_dm@icf.unam.mx


 -- FAVOR DE REGISTRARSE USANDO EL FORMULARIO DE ABAJO -- 

Ver:

Carta de motivos


Comité Organizador en Morelos:


Dr. César Millán Pacheco, de la Facultad de Farmacia de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos.
Dr. Humberto Saint Martin Posada, del Instituto de Ciencias Físicas de la Universidad Nacional Autónoma del Estado de Morelos (organizador principal).


Comité Organizador Nacional:


Dr. Héctor Domínguez Castro, del Instituto de Investigaciones en Materiales de la Universidad Nacional Autónoma de México.
Dra. Ana Laura Benavides Obregón, del Departamento de Ingeniería Física de la Universidad de Guanajuato.
Dra. Susana Figueroa-Gerstenmaier, del Departamento de Ingenierías Química, Electrónica y Biomédica de la Universidad de Guanajuato.
Dr. Julio César Armas Pérez, del Departamento de Ingenierías Química, Electrónica y Biomédica de la Universidad de Guanajuato.
Dr. José Alejandre, del Departamento de Química de la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Iztapalapa.
Dr. Édgar Núñez Rojas, del Departamento de Química de la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Iztapalapa.
Dra. G. Arlette Méndez Maldonado, del Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingenierías de la Universidad de Guadalajara.


REGISTRO