Información General

31 de Julio - 4 de Agosto, 2017. - INSCRIPCIONES CERRADAS

El taller está dirigido a estudiantes de licenciatura, posgrado e investigadores en los campos de la Química, Física, Ingeniería y Ciencias Biológicas, entre otras especialidades. Los interesados deben tener conocimientos básicos de Linux y de Dinámica Molecular. EL TALLER NO TIENE COSTO.

Objetivo: Promover el desarrollo y la aplicación de programas paralelos de Dinámica Molecular atomística entre la comunidad científica Mexicana. Durante el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas: NAMD, DL_POLY, LAMMPS, y GROMACS. Estos programas son públicos, se pueden obtener vía internet sin costo y se usan en simulaciones atomísticas para estudiar una gran variedad de fenómenos físicos. Además se usará el programa NWChem, para determinar geometrías moleculares y parámetros del potencial de interacción. El taller será más práctico que teórico y se dará énfasis a aplicaciones que se usan actualmente para desarrollar investigación en sistemas multicomponentes en una o varias fases.

Los ejercicios usados para ilustrar las aplicaciones contienen sistemas tales como agua, hidrocarburos, proteínas en solución, electrolitos y surfactantes, entre otros. Se harán ejercicios en la laptop de cada participante para aprender el uso de los programas. En el taller se hará una evaluación de los distintos programas en cuanto a velocidad de CPU, potenciales de interacción, algoritmos para generar trayectorias, dificultad de uso y herramientas para el análisis de resultados. Además se usarán programas de apoyo para generar posiciones y velocidades iniciales, así como para el análisis de resultados. Con el fin de discutir aplicaciones específicas de Dinámica Molecular se invitará a algunos de los participantes a realizar una presentación oral de 10 minutos con resultados en sus campos de investigación. No habrá sesión de POSTERS. Este taller es también una oportunidad para discutir detalles técnicos de simulación molecular en general.

ACTUALIZACIONES

Instrucciones para instalación de programas que se ocuparán en el Taller:


Cuestionario: Descarga

Comandos básicos para el uso de vi/vim

Para GROMACS

Para LAMMPS

Para NAMD

Para VMD

Para MCCCS/Towhee

Para NWChem

Para LICHEM

Para DL_POLY /Descargar el tarball

1. Cada participante deberá traer consigo su propia laptop, con sistema operativo Linux preferentemente; Mac OS es aceptable, pero no lo es ninguna versión de Windows.

2. Cada participante deberá estar atento a la página, pues se darán instrucciones para descargar e instalar los programas que se usarán en el TDM (DL_POLY, GROMACS, LAMMPS, NAMD, NWChem). Todos ya deberán estar cargados en sus laptops para empezar a trabajar desde el primer día.

3. No se tiene trato con ningún hotel; pero se dan las ligas a varios lugares cercanos al Campus Chamilpa:

(a) Suites Pintel: no aparece una página propia; pero los datos de contacto se encuentran en: Suites Pintel
(b) Hotel GS
(c) Hotel Puerta Paraíso
(d) Hotel Villa Bejar

PROGRAMA

En el Taller se discutirá la metodología necesaria para usar de manera confiable y eficiente los programas paralelos LAMMPS, NAMD, DL_POLY, GROMACS y GAUSSIAN. Los cursos serán impartidos por investigadores mexicanos que hacen uso de estos programas en su trabajo de investigación. Las actividades del Taller han sido divididas en 4 niveles: Principiantes, intermedios, avanzados y armadores de DM. Ya puedes descargar la versión PDF que contiene los programas de las tres secciones del taller en un solo documento.

ALOJAMIENTO

La edición 2017 se llevará a cabo en la ciudad de Cuernava, Morelos. Estaremos notificando el tipo y lugar de alojamiento en este medio dentro de poco.

Se financiará tanto el alojamiento como la alimentación de un número limitado de participantes en los cursos de "Armadores" y de "Avanzados". Los criterios con que se dará la prioridad para otorgar dicho financiamiento son:

1. La participación en alguno de los Talleres previos.
2. La fecha de registro.

Quienes reciban el apoyo estarán obligados a asistir a todas las actividades del Taller y deberán preparar una presentación corta (10 min) de su propio trabajo de investigación.


REGISTRO

INSCRIPCIONES CERRADAS

 

Talleres previos

Para ver los talleres anteriores por favor siga la liga :

 

CONTACTO

Contacta a los miembros del comité organizador :

 

Dr. Jorge López Lemus.

Universidad Autónoma del Estado de México.

[jllemus@uaemex.mx]

Dr. José Alejandre.

Universidad Autónoma Metropolitana – Iztapalapa.

[jra@xanum.uam.mx]

Dra. Susana Figueroa-Gerstenmaier.

Universidad de Guanajuato.

[sufigueroa0802@gmail.com]

Dra. Arlette Méndez.

Universidad Autónoma de San Luis Potosí.

[arlette.mm@gmail.com]

Dr. Humberto Saint-Martin.

Centro de Ciencias Físicas, UNAM-Cuernavaca.

[hstmartin@fis.unam.mx]

Dr. Hector Domínguez.

Instituto de Investigaciones en Materiales-UNAM.

[hectordc@servidor.unam.mx]

Dra. Minerva González Melchor.

Benemérita Universidad Autónoma de Puebla.

[minerva@ifuap.buap.mx]

 

Patrocinadores

 

Instituto de Ciencias Físicas, UNAM

ICF

Centro de Ciencias Genómicas, UNAM

ICF

CONACyT

ICF

Universidad Autónoma Metropolitana

ICF

Secreataría de Inovación, Ciencia y Tecnología, Morelos

ICF