BIOFÍSICA-CIENCIA DE MATERIALES

 

El estudio por simulación molecular de sistemas biológicos a nivel atómico es hoy día uno de los grandes desafíos tanto para las metodologías como para las tecnologías computacionales más avanzadas. Sin embargo, con el surgimiento de los procesadores gráficos (GPUs), ha hecho posible estudiar estos sistemas a escalas de microsegundos en sistemas compuestos desde 15,000 átomos hasta los 400,000. En esta plática mostramos a detalle el desempeño que logran los programas de mayor uso para simular sistemas biológicos como son NAMD, GROMACS y ACEMD en arquitecturas tipo GPUs. También se hace un estudio comparativo entre los distintos campos de fuerza como son CHARMM, OPLS y AMBER en proteínas compuestas desde 30 aa hasta los 600 aa. Estos resultados son parte de los benchmark que se alcanzan en la supercomputadora OLINKA de la Universidad Autónoma del Estado de México.