“Lo que las simulaciones de dinámica molecular pueden hacer por tu investigación”

Las simulaciones de dinámica molecular (DM) ofrecen una ventana única para explorar, a diferentes escalas de longitud y tiempo, los mecanismos que determinan el comportamiento de sistemas complejos en biofísica y ciencia de materiales. Más allá de la visualización de estructuras o trayectorias, DM permite generar hipótesis, interpretar resultados experimentales y descubrir propiedades emergentes difíciles de captar por otros medios.

En esta charla compartiré varios ejemplos en los que, mediante simulaciones, hemos logrado entender fenómenos en diferentes sistemas y contextos:

1. Discutiré cómo, al acoplar simulaciones con microscopía de fuerza atómica (AFM), hemos caracterizado la arquitectura del ADN cinetoplásmico en tripanosomas [1-2].

2. El uso combinado de microreología y simulaciones para revelar el sorprendente efecto de una proteína bacteriana (IHF) en la fluidez de soluciones densas de ADN [3].

3. También presentaré resultados recientes que indican como la estructura particular de una proteína (NANOG), podría explicar su función en la pluripotencia y autorrenovación de células madre, observadas en experimentos in vivo realizados en el grupo del Prof. Ian Chambers [4].

4. Describiré el papel de la topología en la transición entre dos fases de hielo amorfo, observadas en experimentos de dispersión de neutrones [5].

5. Finalmente, si el tiempo lo permite, hablaré de cómo las restricciones topológicas pueden dar lugar a una respuesta viscoelástica en hidrogeles hechos de ADN [6].

El objetivo de esta charla es abrir un espacio de diálogo, mostrar lo que estas herramientas pueden aportar a investigaciones experimentales y/o teóricas, así como explorar posibles colaboraciones. Si en tu sistema hay dinámicas complejas, topología no trivial, o simplemente datos difíciles de interpretar, la dinámica molecular podría ser tu aliada.

Referencias:

[1] P. He et al, Physical Review X, 13, 021010 (2023).
[2] S. Ramakrishnan et al, PRX Life, 2, 013009 (2024).
[3] Y. Fosado et al, Physical Review Letters, 130, 058203 (2023).
[4] A. Hong-Minh et al, en preparación. Target Journal: PNAS.
[5] Y. Fosado et al, Physical Review Letters, 133, 266102 (2024).
[6] G. Palombo et al, Nature Materials, 24, 454-461 (2025).

Transmisión en vivo vía bit.ly/YouTube_ICF

Participante: Dr. Yair Augusto Gutiérrez Fosado

Institución: Universidad de Edimburgo, Reino Unido

Fecha y hora: Este evento terminó el Miércoles, 10 de Septiembre de 2025